cette saison comprend 2 parties :
- sailormoon r commence par l'arrivée de 2 extra terrestre : alex et anne. ceux ci sont à la recherche d'énergie pour survivre. il vont puiser l'énergie des terriens. l'énergie leur est transmis par l'arbre millénaire. celui ci est entrain de mourir. ils vont trouver tous les moyens possible pour trouver de l'énergie et faire revivre leur arbre. A la fin de cette saison, alex et Anne vont repartir avec une nouvelle pousse de l'arbre à la recherche d'une planète ou ils pourront vivre heureux dans l'amour et la paix.
- usagi et manoru se sont enfin retrouvé. ils sont dans un parc en train de s'embrasser quand une jeune fille tombe du ciel, menace usagi et veux sont cristal d'argent. cette fille est alors suivis par des êtres maléfiques qui se font appelés "la lune noire"au fur et à mesure de leur aventure, les sailors vont apprendre que la fille s'appelle chibiusa, qu'elle vient du futur et qu'elle est la fille d'usagi et de manoru. les sailors vont alors partir dans le futur pour aider chibiusa à sauver sa mère néo queen sérénity, qui est endormie dans son palais à la suite d'une attaque ennemis. les ennemis sont dirigés par le prince diamant (démon) qui est amoureux de la reine sérénity. durant, les différentes batailles menées les sailors vont rencontrer sailor pluton, sailormoon se fera enlever par diamant, et chibiusa rejoindra l'ennemi sous forme de black lady. la bataille s'achève bientôt il ne reste plus que le sage (une sorte de fantôme du mal qui veut détruire le futur et le passé) ainsi que black lady qui s'attaquent alors aux sailors. lors du combat usagi et manoru vont faire prendre conscience à chibiusa qu'elle n'est pas méchante, qu'elle à des amis, que tout le monde l'aime et surtout sa maman. elle redevient enfant. il ne reste plus que le sage qui alors attaque sailormoon avec toute la puissance du cristal noir. celle ci essais de le contrer à l'aide du cristal d'argent. chibiusa voyant sa mère se battre avec difficulté veut l'aider à vaincre le mal. elle s'aperçoit soudain qu'elle possède aussi un cristal d'argent, elle se met à attaquer le sage avec sérénité. les sailors viennent alors prêter mains fortes aux deux filles tous le mondes se concentrent et donnent leurs pouvoir à sailormoon et chibiusa qui détruisent le sage et le cristal noir 
